De acordo com a documentação que encontrei no pacote aqui (man \ mupdf.txt):
OPTIONS
-r resolution
Changes the initial zoom level, specified as the resolution in dpi. The default value is 72.
Então, seu lote deve ser algo assim:
start C:\Users\name\mupdf\mupdf.exe -r 96 (path to file)
Onde 96
é a resolução desejada.