O gerenciador de configurações de configuração do Compiz tem muitas opções para colocação de janelas e coisas do tipo.
Instale-o se você ainda não tiver sudo apt-get install compizconfig-settings-manager.
Então vá para:
ccsm - > Gerenciamento de janelas - > Lugar (plugin) - > Posicionamento de janela fixa - > Windows com viewport fixo