Eu tenho o Windows XP e o Ubuntu 9.10 (prestes a atualizar) dual boot, mas eu não uso o wubi ... Eu instalei o Windows XP primeiro, depois o Ubuntu e o grub automaticamente detectaram minha outra partição e configuraram o grub de acordo Eu uso o grub para escolher o sistema operacional na inicialização.
Eu não sei se o Wubi oferece algo mais do que isso, mas minha configuração funciona perfeitamente. Se eu perder meu MBR por algum motivo, eu apenas inicializo do CD do Ubuntu e instale o grub novamente.
Espero que ajude.