Parece que o codec G729 que vem com o ffmpeg suporta apenas um único canal.
A melhor maneira de proceder é atualizar para a versão mais recente do ffmpeg e ver se o suporte foi aprimorado.
Se não tiver, você pode postar uma solicitação de recurso educado com os desenvolvedores do ffmpeg, ou sentar-se e modificar o código-fonte do codec G729 para implementá-lo. Ou pague alguém para fazer isso por você, se você não puder fazer isso sozinho.