Uma das razões para fornecer diferentes formatos é por conveniência e semântica. Os arquivos ISO são tipicamente imagens de discos, enquanto os arquivos img são tipicamente imagens de um disco rígido ou partição, historicamente img file era para disquetes. Os arquivos IMG, se usados com o software correto, podem clonar os HDDs até mesmo no layout da partição e se uma partição é inicializável, etc.
Quanto à diferença entre instalar a partir de usb ou iso, é praticamente o mesmo. Você pode extrair os arquivos do ISO, colocá-los no usb, configurar o arquivo de configuração do syslinux e todas as partições necessárias, como a partição de inicialização, bem como o registro de inicialização mestre, se inicializar a partir do BIOS legado ou definir a partição de inicialização como efi ou esp, dependendo do sistema operacional instalado, o windows chama de partição esp, se bem me lembro. Então você pode criar manualmente um usb inicializável. No entanto, software como rufus agiliza o processo, bem como fornece um arquivo img, uma vez que já contém uma cópia exata do layout.