Vá para Editar > Preferências > Comportamento no Nautilus e altere esta opção:
Oqueessasopçõessignificam:
"Executar arquivos de texto executáveis quando eles são abertos"
Esta opção irá executar (executar) arquivos de texto como se fossem programas (ou scripts), mas note que se os arquivos não são scripts ou possuem erros, você não verá nada.
Observação: Essa opção é muito arriscada, porque pode permitir que você execute scripts perigosos acidentalmente.
"Visualizar arquivos de texto executáveis quando eles são abertos"
Esta opção irá fornecer o comportamento mais confortável, se você só precisa ver seus arquivos de texto (HTML, CSS, txt, etc). Quando você precisar executar scripts reais, clique com o botão direito do mouse e escolha executá-los no menu de contexto ou use um terminal.
"Pergunte a cada vez"
Essa opção fornece um equilíbrio seguro entre as duas outras opções, permitindo que você escolha cada vez que você clica duas vezes em um arquivo de texto e fornece um aviso que deve ajudar a evitar a execução acidental de arquivos arriscados.