Bem, a partição do sistema tinha cerca de 30Gb e agora está ficando fraca, então eu clonei a partição do sistema no mesmo hdd e dei a essa partição muito mais espaço, então eu não tenho esse tipo de problema novamente. Mas a questão é, como tornar a nova partição clonada inicializável e posso excluir a partição do sistema antiga depois disso? Eu tenho um disco rígido com 1 TB e o Windows 7 está na unidade USB.
Se for clonado pelo clonezilla (que deve usar ntfsclone do ntfs-3g), então o setor de inicialização da partição clonada provavelmente não é algo com o qual você precisa se preocupar (isto é, é clonável como inicializável).
Você provavelmente só precisa modificar o BCD com bcdedit para apontar o carregador de inicialização para a partição clonada: link
Se for uma instalação do BIOS / MBR, você provavelmente precisará marcar a partição clonada como ativa com diskpart também
Você pode usar as opções de recuperação do Windows a partir do disco de instalação do Windows para identificar as partições existentes do Windows e reparar o registro de inicialização.
Use as opções de recuperação de inicialização Bootrec como descrito aqui