O RAID-1 não é um backup, é um espelho. Não ajuda se você excluiu algo que deseja recuperar porque foi excluído dos dois volumes. Tenho certeza de que isso não é possível porque o sistema não pode garantir que você insira as duas unidades USB ao mesmo tempo.
Outra opção seria incluir uma cópia do robocopy.exe na unidade flash junto com um arquivo em lotes que, quando executado, copia todos os arquivos modificados para a outra unidade. Você pode então certificar-se de executar o arquivo em lote sempre que conectar as duas unidades (supondo que as letras da unidade permaneçam as mesmas).