Eu uso o jDiskReport
"O JDiskReport permite que você entenda quanto espaço os arquivos e diretórios consomem nas unidades de disco e ajuda a encontrar arquivos e pastas obsoletos."
Ele desenha um gráfico de pizza que permite identificar rapidamente as maiores pastas.
A ferramenta está disponível para Windows, Mac OS S e Linux, e é grátis.