PCIe é de fato um protocolo padrão da indústria. Enquanto o cartão se encaixa, deve funcionar.
Além disso, uma placa PCIe com menos faixas deve funcionar em um slot que ofereça mais faixas.
P.S. Detalhe menor: Um conector PCIe pode ser fisicamente do tamanho x16, mas pode ter menos conexões elétricas, dependendo da placa. (isto é, poderia ser eletricamente um slot x4 ou x8; nesse caso, uma placa x16 caberia, mas rodaria a uma velocidade x4 ou x8.) Em algumas placas-mãe, o número de faixas em um slot pode ser alterado por jumpers e / ou o firmware (como no caso de placas crossfire / SLI).