Eu tive o mesmo problema após a atualização para o UBUNTU 14.04. Para uma solução alternativa, adicionei a seguinte linha ao final do arquivo " AptanaStudio3.ini " (no seu caso, ele deve estar em ' /opt/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3.ini ' )
-Dorg.eclipse.swt.browser.DefaultType=mozilla
Isso funcionou para mim (pelo menos durante a última hora, uma vez que costumava fechar depois de alguns minutos), espero que isso resolva o seu problema também.