Em primeiro lugar, a verdadeira resposta à sua pergunta é: por que você deveria se preocupar com o usuário? Os sistemas operacionais são desenvolvidos para utilizar os recursos fornecidos da maneira mais eficiente possível. É improvável, a menos que você tenha requisitos especializados, que sua máquina funcione melhor fazendo esse trabalho por conta própria.
Dito isto, acho que a maioria dos sistemas operacionais lhe dá a opção. No Windows, você pode abrir o aplicativo gerenciador de tarefas, selecionar um processo e uma das opções no menu de contexto é "Definir Afinidade". Isso permitirá que você selecione em quais núcleos o processo será executado.