A função de API do kernel do Win32 EncodePointer foi adicionada Windows XP SP2 (cliente) e Windows Server 2003 SP1 (servidor). Estas são as versões mínimas do Windows que fornecem a funcionalidade solicitada.
Portanto, se o software que você está tentando executar precisar dele (o que parece: não haveria motivo para mapeá-lo de outra forma), o software não é e nunca poderá ser compatível com o Windows 2000.Você pode conseguir que este software seja executado atualizando para o Windows XP SP2, assumindo (o que é uma grande suposição) que esta é a única coisa adicional necessário. A coisa certa a fazer seria entrar em contato com o fornecedor do software e determinar qual versão mínima do Windows é suportada pelo software em questão e, em seguida, usar pelo menos isso.