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Se os dois antivírus examinarem seu disco em busca de vírus / malware / "whatnot", isso afetará a sua máquina significativamente porque há muitas operações de E / S por segundo e principalmente não linear. Além disso, se ambos os antivírus estiverem verificando o sistema e detectarem um arquivo suspeito, eles lutarão um contra o outro - quando A colocar o arquivo em quarentena, B poderá detectá-lo como ameaça e movê-lo para quarentena também, e isso pode continuar para sempre - ou até A parecer com raiva de B, ou vice-versa.
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Com isso em mente, muitas soluções antivírus permitem que você desligue algumas partes de seu comportamento , para que você possa manter a verificação do sistema de arquivos ativada no único antivírus e desativá-la o outro.
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Outra preocupação é que alguns antivírus têm seus próprios firewalls, e a maioria desses firewalls é construída como drivers de kernel (pelo menos no Windows), portanto, um pode afetar o outro.
Se um subsistema estiver presente em ambos os antivírus, aconselho desativá-lo em pelo menos um. Dessa forma, o seu sistema certamente funcionará mais suavemente.