Um programa GUI é um exagero & ineficiente. Use o Powershell:
Get-Content myfile.txt|Foreach-Object{copy-item -path $_.FullName -destination "path_to_destination"}
Isso ignora qualquer requisito para manter a estrutura de diretórios (como você não forneceu).
Em vez de dizer "por favor, não me diga a melhor maneira de fazer isso, tive problemas devido a espaços", corrija a causa raiz - aprenda como lidar com os espaços.