Eu acho que o amarelo é só porque ele sempre esteve lá, desde o logo do Windows 3.1. A cada poucos anos, eles reinterpretam o logotipo, removendo as bordas pretas entre as cores e agora endireitando o swoosh. A campanha de rebranding não pode alterar totalmente o logotipo para algo que ninguém reconhece, por isso as cores foram mantidas. O logotipo agora também se parece mais com quatro "tiles" usados no Windows 8 e no Windows Phone. Provavelmente não é uma coincidência.
Acontece que eles podem tornar o verde no Xbox. Tenho certeza de que essa não foi a intenção dos anos 80 quando o logotipo do Windows foi criado pela primeira vez.
Talvez eles tenham algo na manga para o que significa amarelo, mas acho que só pode ser especulado.