ls -sh não informa tamanhos como seria de esperar. Ele não olha dentro dos diretórios, e apenas relata então em algum tamanho fixo (geralmente, 4,0k)
Existem muitas ferramentas para verificar o que está ocupando espaço no seu disco. Eu recomendo gdmap . Ele mostrará um mapa auto-explicativo do seu disco
Para instalar:
sudo apt-get install gdmap
para correr, use
sudo gdmap -f / , se você quiser verificar o disco inteiro
sudo gdmap -f /some/folder , para verificar uma pasta específica