Se você estiver trabalhando manualmente, salve toda a pasta "Usuários" (normalmente C: / Usuários). Isso conterá muitas informações que você não transferirá, mas melhor que menos.
Em seguida, na sua nova configuração, você pode transferir o que precisa (Meus Documentos, Downloads, Área de Trabalho, Etc). Existem aqueles programas como o chrome que tem arquivos de usuário específicos do programa que você pode copiar de volta se estiver se sentindo ambicioso. NÃO sobrescreva a pasta Usuários inteira na nova configuração, pois há dados de aplicativos que não devem ser copiados.
Pessoalmente, tenho alguns programas que possuem arquivos personalizados fora da pasta Usuários (exemplos de arquivos LISP personalizados para o AutoCAD), mas geralmente são casos especializados que são raros em comparação com o caso médio do usuário; A maioria sabe salvar até mesmo a pasta "Usuários" pode deixar alguns itens fora, então um backup completo é a única solução "infalível" .
Por fim, mantenha os dados por algumas semanas para os poucos arquivos dispersos que você pode ter perdido e exclua o backup quando se sentir à vontade.
Para recapitular, é simples, salve a pasta "Usuários" e copie de volta o conteúdo das poucas pastas que você precisa no novo sistema.