A maneira mais fácil de fazer isso é com o utilitário diskpart.
Abra um prompt de comando e digite
diskpart
Em seguida, digite:
list disk
Você verá uma lista das suas unidades. Digite:
select disk #
Onde o número é seu pen drive. Em seguida, insira:
clean
Isso limpará totalmente a unidade e tudo o que estiver nela, incluindo as partições e o sistema de arquivos. Depois disso, você pode sair do diskpart
e do prompt de comando e ir para a ferramenta diskmgmt
no Windows (ela pode ser encontrada na barra de pesquisa) e clicar com o botão direito na unidade flash, selecionar New Simple Volume
e escolher NTFS como o sistema de arquivos e configurá-lo. Isso impedirá o problema de formatação no futuro.