Você pode nos fazer do Utilitário de Gerenciamento de Disco do Windows para reformatar a partição como NTFS. Basta lançar Computer Management ( Control Panel->System and Security->Administrative Tools->Computer Management e escolha " Disk Management " no painel esquerdo).
Agora, no painel direito, clique com o botão direito do mouse na partição que você deseja que tp re-formate e escolha Format , escolha "NTFS" no menu suspenso e formate-a.