Não sei ao certo o que está te atrapalhando, mas uma forma é descobrir como converter um jpg em um pdf e, em seguida, agrupar esse comando em um bash for loop.
Converter um arquivo
convert [convert options] file.jpg file.pdf
Coloque em um loop, com aspas para manipular nomes de arquivos com espaços. A construção $ {f $ .jpg} .pdf substitui a extensão .jpg por .pdf. Aqui está um script bash.
#!/bin/bash
# Script to convert all jpg files in current directory
# to pdf files
# Edit the convert line to include convert options ahead of "$f"
for f in *.jpg
do
convert "$f" "${f%.jpg}.pdf"
done
Coloque o script no diretório com os arquivos jpg, torne o script executável e execute-o com o comando ./scriptname.