Você ficaria muito melhor usando pkill . Mas, para resolver sua questão, crie killphp uma função bash em vez de um alias, colocando isso no seu perfil.
killphp() {
ps aux | g [p]hp | awk '{print $3}' | xargs kill -9
}
Você pode usá-lo como o alias:
killphp
Você poderia ter escapado do $ escrevendo \$ , mas com funções você não precisa se preocupar com citações.