Pelo que entendi, o explorer.exe (e a maior parte da sua pasta do Windows) é protegido pela Proteção de Recursos do Windows. Quando você reinicia, o Windows detecta a versão substituída do explorer.exe e a restaura a partir da pasta de backup:% windir% \ winsxs \ Backup
Isso explica os sintomas que você está experimentando. Para contornar o WRP, espero que alguém aqui possa oferecer alguma ajuda aqui. Antigamente, costumávamos simplesmente substituir o explorer.exe na pasta do Windows e na pasta DLLCache. No entanto, isso parece não existir desde o Vista.