Eu nunca usei essa ferramenta antes, mas olhando para a descrição do que "-w" estou supondo que está lidando com limites de palavras ligeiramente diferentes do esperado. Se você tirar o "-w", deve funcionar. Além disso, no exemplo dado a você um único arquivo para corresponder, então o -R também não entrará em jogo.
Tente:
rpl 'date(' 'pdate(' admin/uploaduser.php
EDIT: Após um pouco de pesquisa, descobri que há um erro relatado para o rpl não manipular a pontuação como limites de palavras, e é por isso que isso não está funcionando. Então a única opção é usar outra ferramenta. Sed vem à mente para esta tarefa, então você pode realizá-lo com o seguinte:
sed -i 's/\bdate(/pdate(/g' admin/uploaduser.php
Isso fará uma substituição in-line (-i) da mesma forma que o rpl teria feito e está combinando com as datas de início e substituindo-as por pdate.