Para verificar o sistema de arquivos sempre que ele estiver montado:
sudo tune2fs -c 1 /dev/<device>
O sistema verifica automaticamente o sistema de arquivos sempre que estiver marcado como sujo; no entanto, no caso de falhas de energia ou eventos semelhantes, o sistema de arquivos pode ficar corrompido sem ser marcado como sujo. Então, sim, verificar o sistema de arquivos a cada reinicialização é uma boa coisa para fazer no seu caso (na verdade, a melhor coisa a fazer seria corrigir o problema de eletricidade, mas suponho que você já esteja ciente disso: -))