munpack fará exatamente isso.
The munpack program reads each RFC-822 message filename and writes all non-text MIME parts or split-uuencoded files as files. If no filename argument is given, munpack reads from standard input.
( link )
Para o Linux, a maioria das distros tem no pacote mpack . Não faço ideia se existe uma porta Windows ou Mac.
Espera as mensagens de e-mail como arquivos de texto simples, um arquivo por e-mail. Se você salvar um e-mail em "texto simples" da maioria dos clientes de e-mail, é isso que você recebe. Além disso, se você tiver uma pasta de e-mail "maildir", os e-mails estarão no formato correto.
Caso contrário, você precisa primeiro recuperar os e-mails em formato de texto do seu provedor de e-mail. Mas essa é outra questão ...