Somente recriando as partições - tendo feito o backup do conteúdo primeiro, é claro. Existem ferramentas que podem ajudar (se eles podem trocar as posições dependerão do produto).
Mas :
I know that will improve the performance dramatically
Isso não é verdadeiro. Os discos rígidos modernos compactam mais setores nas trilhas externas do disco, de modo que o desempenho linear de leitura e gravação não muda muito no disco. O que vai desacelerar as coisas será ter que procurar para trás e para frente de uma borda para outra: mas com uma partição não ocupando todo o disco isso não vai acontecer (e a resposta seria desfragmentar o disco: uma boa idéia e Windows 7 fará isso automaticamente em um agendador).