Quando você armazena dados, eles não são necessariamente colocados seqüencialmente no próprio disco rígido. Portanto, a fragmentação de dados ocorre ao longo do tempo, à medida que você usa seu computador no dia a dia. Isso pode resultar em perda de desempenho quando o disco fica muito fragmentado.
O que você deve considerar fazer é regularmente desfragmentar seus discos rígidos. Basicamente, o sistema tentará organizar os dados e movê-los para que possam ser lidos e escritos rapidamente. No entanto, você tem que reservar algum espaço livre no disco (~ 10%) para que isso funcione. No Windows, ele tem um cronograma padrão definido (eu esqueci o que é como eu modifiquei o meu), embora na maioria das vezes ele entra em ação somente quando você não está usando ativamente o seu computador.