GUIDs
No novo esquema UEFI, os discos (e até as partições) têm IDentificadores globais únicos .
Eu quebrei um sistema Linux antes, tentando copiá-lo de uma unidade para outra sem alterar os UUIDs (semelhantes aos GUIDs). Talvez algo semelhante tenha acontecido com você quando você copiou sua unidade?
Isso é apenas especulação, mas se esse é o problema, você precisará descobrir qual é o GUID da sua nova unidade e como atualizar o gerenciador de inicialização para usá-lo.
Descobrir o GUID
Ravikumar Pulagouni postou isto no technet :
You can find GUID of disk using diskpart.
Start>run>cmd>diskpart>list disk and check for GPT
Start>run>cmd>diskpart>list disk>select disk> uniqueid disk and check for disk ID
Note: Run diskpart command with elevated admin rights..
Se você precisar do GUID de uma partição, poderá usar o diskpart para descobrir isso também.
Atualizar o gerenciador de inicialização
BCDEdit.exe é o Editor de dados de configuração de inicialização do Windows. (Você provavelmente terá que executá-lo a partir de um prompt de comando do administrador.)
Não sei como usar essa ferramenta para essa finalidade, mas é um bom lugar para começar a pesquisar.
Esta Perguntas frequentes sobre o Windows GPT A Microsoft também pode ser útil.
Mais explicações sobre UEFI, GPT e GUIDs aqui (embora orientado para o Linux.)