Quando você atualiza seu sistema, o registro do Windows volta para "padrão de fábrica", como você pode dizer.
Executar um limpador de registro no seu PC é bastante inútil e às vezes afeta negativamente o seu sistema. Existem inúmeros sites que enfatizam isso, por exemplo, aqui e aqui .
Quando o AVG encontrou esses erros, ele mostrou claramente que não fazia nenhuma limpeza real do registro. Como mencionado por @Ramhound, os erros encontrados pelo AVG não foram erros reais, mas provavelmente foram uma tentativa de impressioná-lo na compra de alguns de seus softwares pagos.