Se você estiver usando o GNOME (em qualquer distribuição), para configurações da área de trabalho, semelhante à aplicação da política de configuração, confira o GNOME wiki para instruções. (Em resumo, escreva suas configurações padrão ou possivelmente obrigatórias em /etc/dconf/db/site ).
Se você pretende expandir para além de algumas máquinas - ou, se realmente quiser ter automação (consulte Xkcd: Vale a pena tempo? - e possivelmente também O problema geral ), eu definitivamente recomendo um sistema de gerenciamento de configuração como Ansible *, Chef, ou Fantoche. Espero que você já esteja usando algo assim para seus servidores, portanto, fazer isso para a área de trabalho não será uma sobrecarga adicional.
Desde que você marcou este "Fedora" - e ei, você está usando o CentOS para servidores, então é uma boa combinação - uma abordagem mais leve seria configurar um arquivo de kickstart para instalar sistemas com o software instalado e as opções de configuração preferidas. Isto é um pouco menos sobrecarga do gerenciamento de configuração, mas é claro que a desvantagem é que ele cobre apenas o tempo de instalação e não mantém os sistemas consistentes ao longo do tempo.
* disclaimer: Eu trabalho para a Red Hat, e como o Fedora, Ansible é um projeto apoiado por RH.