Você pode instalar a unidade em qualquer compartimento, desde que tenha uma porta SATA à qual você possa se conectar. O compartimento da unidade óptica deve estar bem em laptops modernos. (ODDs mais antigos costumavam ter conectores IDE, mas ainda não vi nenhum no laptop moderno)
Letras de unidade são uma questão de configuração, conexões físicas não as afetam.
Você deve, no entanto, verificar qual versão do SATA é suportada pelo segundo conector. Algumas vezes, as portas SATA HDD dedicadas são SATA III, enquanto as portas ODD são SATA II mais lentas (porque os discos ópticos são lentos e essa conexão não pode ser saturada de qualquer maneira, portanto, o SATA mais lento é bom para a ODD).
Todas as versões SATA são compatíveis umas com as outras e seu SSD ainda será muito rápido comparado ao HDD se você conectá-lo à porta SATA II, mas seria preferível usar o SATA III para sua largura de banda extra. Se ambas as portas forem SATA III, não importa qual unidade é o local.
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