O Atom D510 não tem PCIe onchip, ele tem x4 DMI que deve ser conectado a um chipset de ponte. Como menciona @mirh, e confirmado no diagrama da página 6 do esquema de referência D510 da Intel link , isso é Gen1 então apenas 250 MB / seg (o esquema mostra o chip ponte ICH8M).
Em um servidor baseado em Xeon, assumindo pelo menos PCIe Gen2, você pode esperar ver duas velocidades.
Editar - também encontrei este tópico do fórum da Intel ( link ) onde o OP parece ter feito o PCIe cuidadoso medições usando o chip ponte ICH8M, e ele está relatando 2.5x leituras mais lentas do que as gravações. Se os seus testes dependem do desempenho de leitura, então este mais Gen1 oferece uma redução de 5x em comparação com um servidor Xeon Gen2. Isso ainda não explica a lentidão de 10x que você mencionou em sua "Resposta como Comentário" (na qual você mencionou 10x mais lento para o Ubuntu 16.04 e 20x mais lento que o CentOS 7.3, ambos em um servidor Gen2 Xeon, e que eu acho Infelizmente, os moderadores foram removidos).
Além disso, sugiro alterar seu título para algo como "Desempenho Atom PCIe", já que essa é uma discussão específica do Atom.