Não tenho certeza sobre "aplicativos GUI", mas se os prompts de comando estiverem sendo iniciados por um atalho, você pode modificar o atalho, escolher tamanhos e posições das janelas e modificar o atalho para futuras execuções.
Basicamente clique com o botão direito do mouse na barra de título do prompt de comando, escolha propriedades e ajuste as coisas na guia Layout.
Há algumas informações / instruções sobre ele (com fotos) aqui que deve levá-lo a caminho.
HTH.