O Windows fica mais lento com o tempo, quer esteja em execução ou não. Especialmente o Vista, que tem algum código especial para torná-lo lento.
Não, sério, isso não deveria acontecer. Eu só sei que quando eu deixo desligado por um longo tempo, que ele quer apagar todos os ícones da minha área de trabalho e esconde todos os itens do menu iniciar, porque eles "não foram usados por um longo tempo". Ele também avisa sobre atualizações de segurança desatualizadas, antivírus, etc. Mas não tenho a mínima ideia de por que isso desaceleraria ao acordar da hibernação. Talvez ele detecte que as coisas estão desatualizadas e começa a digitalizá-las automaticamente logo depois de acordar.
Agora, tenho uma pergunta: você teve esse problema sozinho ou apenas conta com um usuário do Twitter? Porque isso pode não ser o melhor lugar para discutir lendas urbanas.
E finalmente, um conselho. Como o Windows fica cada vez mais lento à medida que você o utiliza e o modo de hibernação não ajuda, às vezes ele só precisa ser reiniciado. Então, se você não planeja usar seu computador por um longo tempo, basta desligá-lo. Quando você ligá-lo na próxima vez, será melhor se você vir uma sessão agradável e limpa, e também é improvável que você use exatamente os mesmos programas que você deixou abertos quando você hibernou.