Em um ambiente com vários administradores de sistema, vejo algumas vantagens em adicionar os arquivos de configuração do servidor em um sistema de controle de revisão. Os mais notáveis são a capacidade de rastrear alterações, quem os criou e, claro, a possibilidade de reverter para configurações de trabalho conhecidas.
Estou principalmente interessado em soluções Unix / Linux, mas também ficaria curioso com as implementações do Windows.