Eu assumirei que quando você mencionar o Instalador, você quer dizer o LiveCD ou o LiveUSB onde você tem o instalador do Ubuntu.
Primeiro, se o instalador não está dando a você a opção para o F6, pode ser que ele tenha sido inicializado muito rápido ou esteja danificado (o CD ou a imagem de alguma forma ficaram danificados).
Em segundo lugar, desde que você não se importa com os arquivos ou a necessidade de fazer um backup, então eu posso simplesmente dizer para inicializar o computador a partir de um LiveCD ou LiveUSB, e dizer ao instalador do Ubuntu, onde pergunta qual opção você quer escolher (Entre deixar o sistema operacional atual intacto, remover todas as partições e instalá-lo do zero ou fazê-lo manualmente), para apenas remover tudo.Já tentei agora. Meu cenário era um sistema com o Ubuntu 12.04 32 Bit. Eu então comecei a executar um LiveCD do Ubuntu Server 12.10 Server 64 Bit. Ele rodou, quando perguntado sobre o que fazer com o outro SO que eu simplesmente selecionei, remova-o e instale o 12.10 Server sozinho.
Depois disso, eu mesmo tive um sistema Ubuntu Server de 64 bits.
Agora, no que diz respeito às ferramentas de terceiros. Se isso significa LiveCD, LiveUSB, instalação de rede e outros métodos comuns, então temos um problema, pois sem isso não há como instalar o Ubuntu.
Estou assumindo que esta não é uma instalação WUBI. Isso causaria problemas adicionais com o que acabei de escrever.