$HOME/bin provavelmente é um bom lugar se você quiser chamá-los sem prefixo de diretório. Essa pasta está em seu caminho para que você possa executar seus scripts como se eles estivessem instalados em /usr/bin , por exemplo.
Mas você pode colocá-los onde quiser, para manter sua estrutura de diretórios organizada e, opcionalmente, adicionar essas pastas a PATH também.