A opção de que você precisa é --parents
, por exemplo:
jim@prometheus:~$ cp --parents test/1/.moo test2/
jim@prometheus:~$ ls -la test2/
total 42
drwxr-xr-x 3 jim jim 72 2010-09-14 09:32 .
drwxr-xr-x 356 jim jim 43136 2010-09-14 09:32 ..
drwxr-xr-x 3 jim jim 72 2010-09-14 09:32 test
jim@prometheus:~$ ls -la test2/test/1/.moo
-rw-r--r-- 1 jim jim 0 2010-09-14 09:32 test2/test/1/.moo