Eu também gostei que havia um segundo arquivo authorized_keys.
Eu uso e distribuo meu arquivo authorized_key para vários computadores, limitando meu acesso para que somente minha casa principal tenha permissão para fazer login em outras contas. Mas isso geralmente significa que é o mesmo em todas as minhas contas e é sobrescrito se for diferente. Eu também vi outros programas de configuração do computador sobrescrevê-lo continuamente (Puppet).
No entanto, quando eu faço o login no nó frontal de um grande cluster cumulativo, gosto de colocar as chaves no arquivo authorized_keys2, para que o nó frontal possa acessar os outros nós do cluster, mas não tenha acesso a nenhuma outra máquina . isto é, eu usei-o como um 'arquivo de autorização local', como separado para um 'arquivo de autorização distribuído'.
Torna-se especialmente importante quando as casas compartilhadas são usadas (como geralmente estão em um cluster).
É uma pena que agora seja depreciado.
Uma alternativa que seria interessante seria um mecanismo de inclusão, ou um subdiretório "authorized_keys.d" ou "use essas chaves para esse host".