É quase certo que executar um arquivo exe no Linux não funcionará. No Windows, você o executa a partir do prompt de comando. Se você receber uma mensagem dizendo que o comando não foi encontrado, adicione o caminho do comando à sua variável de ambiente PATH ou especifique o caminho completo para o comando.
Se o comando for executado, mas não estiver fazendo o que você acha que deveria estar fazendo, leia a documentação.