GoDaddy [...] I assume their servers are geographically distributed
Não assuma, verifique com o GoDaddy ou verifique você mesmo. Um traceroute rápido para nsX.secureserver.com (um nome de servidor DNS comum para GoDaddy) me dá uma resposta de um datacenter aqui na Escandinávia onde eu moro. Então, sim, parece que o GoDaddy tem seus servidores de nomes espalhados pelo menos nos EUA e na Europa. Mas verifique os nameservers atribuídos ao seu domínio.
main reasons I should opt to use Amazon Route 53
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A Amazon documentou claramente como está a configuração do servidor. Eles usam o Anycast e possuem servidores DNS em 15 locais no mundo todo. Seu serviço parece bem projetado para um alto tempo de atividade.
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Ter sua resolução de DNS de mais de 15 locais em todo o mundo torna seu site um pouco mais rápido para seus usuários finais. Ele também permite que você use um TTL mais baixo, o que significa que, em caso de falha de um site, você pode transferir seu serviço para um novo IP mais rapidamente.
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No futuro, a Amazon planeja integrar o Route53 com suas outras ofertas de nuvem. Se você usa alguns deles, como o EC2 e o Elastic Load Balancer, você se beneficiará dessa integração. O que eles construirão ainda não é conhecido, mas a configuração de uma etapa do Elastic Load Balancing e a integração da verificação de integridade com o CloudWatch parecem ser suposições razoáveis.