Eu li a página do apt-get man cuidadosamente quando me cansei de editar manualmente o sources.list toda vez que eu queria apenas aplicar atualizações de segurança (isso significa que a segunda vez).
Descobri essa solução:
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/security.sources.list
Edite o último para conter apenas os repositórios de segurança e, em seguida:
sudo apt-get upgrade -o Dir::Etc::SourceList=/etc/apt/security.sources.list
Tadaaaa ... Coisas que podem ser escritas.