Aqui estão alguns resultados comparando todos os principais FSs do Linux com o bonnie ++ que você pode usar como ponto de partida .
Em termos de busca aleatória, Reiser ganha, seguido por EXT4, seguido por JFS. Não tenho certeza se isso se correlacionará exatamente com as pesquisas de diretório, mas parece que seria um indicador. Você terá que fazer seus próprios testes para isso especificamente. EXT2 bate as calças fora tudo para tempos de criação de arquivos, provavelmente devido à sua falta de um diário, ainda EXT4 bate tudo, exceto Reiser que você não pode querer usar devido ao status atual do hans reiser.
Você pode querer olhar para drives que suportam NCQ, e certifique-se de que sua instalação está configurada para usá-lo. Sob a procura pesada, deve proporcionar um aumento de velocidade.
Por último, verifique se sua máquina tem uma tonelada de memória RAM. Como os arquivos não são atualizados com freqüência, o linux acaba armazenando em cache a maioria deles para que ele tenha espaço livre. Se os seus padrões de uso estiverem corretos, isso proporcionará um enorme aumento de velocidade.