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O bit de 32 bits pode ser um pouco mais rápido em certos casos de uso - os endereços menores significam código mais compacto, o que significa maior eficiência do cache. Nos benchmarks que eu vi, essa eficiência tende a ser ofuscada pela maior eficiência computacional de 64 bits em ambientes de computação pesada. Mas, de fato, o 32-bit ocasionalmente ganha em alguns benchmarks. YMMV. A idade do seu software é importante, pois as compilações mais recentes tiram proveito do material de 64 bits que as construções mais antigas não usam.
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Mais código compacto significa menos espaço em disco. Basta baixar os ISOs para seu sistema operacional favorito em sabores de 64 e 32 bits para ver a diferença. Não é trivial. Também é bastante mais depois de descompactar os binários. Como apontado por OrangeDog : Grande parte desse consumo de espaço vem do fato de os sistemas operacionais de 64 bits distribuírem bibliotecas de 32 bits, além das de 64 bits.
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Você ainda obtém melhor compatibilidade com componentes e softwares legados com 32 bits. Isso é particularmente visível em sistemas que compilam dinamicamente na máquina host, mas obtêm bibliotecas binárias de terceiros ao mesmo tempo. O framework .NET da Microsoft é um ótimo exemplo disso: embora os programas sejam teoricamente independentes de arquitetura, sempre que você vincular a um binário nativo, vincula-se a um ou a outro. Muitos desenvolvedores nem sabem que isso está acontecendo e enviam componentes de produção que não serão executados em sistemas de 64 bits sem alguns ajustes para instruir explicitamente o .NET a ser executado no modo de 32 bits. A maioria das pessoas não sabe como fazer isso.
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Como apontado por Daniel B: o desenvolvimento do Windows .NET em máquinas de 64 bits deixa você aberto a um inconsistência frustrante onde sob certas circunstâncias as exceções são mascaradas pelo sistema operacional.
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Hardware legado. Você não pode executar um driver de 32 bits em um kernel de 64 bits.
Nada disso resulta em um show-stopper para a maioria das pessoas. Ainda assim, você precisa decidir como esses fatores afetam seu ambiente.