No final de 2012 / início de 2013, houve um problema com atualizações automáticas de certificados raiz. A correção provisória era desabilitar as atualizações automáticas, então, em parte, esse problema é histórico.
A outra causa é o programa Trusted Root Certificate e Root Certificate Distribution, que (para parafrasear Microsoft ) ...
Root certificates are updated on Windows automatically. When a [system] encounters a new root certificate, the Windows certificate chain verification software checks the appropriate Microsoft Update location for the root certificate.
Até agora, tudo bem, mas depois ...
If it finds it, it downloads it to the system. To the user, the experience is seamless. The user does not see any security dialog boxes or warnings. The download happens automatically, behind the scenes.
Quando isso acontece, pode parecer que certs estão sendo adicionados automaticamente ao armazenamento raiz. Tudo isso deixa alguns sysadmins nervosos porque você não pode remover uma CA 'ruim' das ferramentas de gerenciamento de certificados porque elas não estão lá para serem removidas ...
Na verdade, existem maneiras de fazer o windows baixar a lista completa para que possam editá-la como quiserem, mas é comum bloquear as atualizações. Um grande número de administradores de sistema não entendem criptografia ou segurança (geralmente), então seguem a sabedoria recebida (correta ou não) sem questionar e não gostam de fazer mudanças em segurança que não entendem completamente alguma arte negra.