Eu estava em uma situação semelhante; servidor dedicado totalmente gerenciado, LAMP, CentOS. Então decidimos mudar para o EC2. Além disso, eu tinha muito pouca experiência em sistemas ou administração de linux. Eu tenho quase zero experiência com o Ubuntu, então eu realmente não posso falar com qual é o chamado SO melhor.
Eu tentei um monte de AMIs pré-construídas com instalações mínimas do SO do Rightscale, Alestic, Scalr e Amazon. Acabei criando todos os meus próprios AMIs no Amazon Linux, primeiro usando a versão 2010.11.01, agora migrei todos os meus AMIs personalizados para o Amazon Linux versão 2011.03.01.
A decisão de usar um Amazon Linux AMI versus outros provedores de AMI não foi fácil. Eu brinquei com e testei configurações diferentes por quase um mês antes de tomar minha decisão final. No final, desde que eu queria usar o CentOS, basicamente resumia-se a uma coisa. Imaginei que melhor saber quais dependências relacionadas ao hardware precisavam ser incluídas no sistema operacional do que as pessoas que projetaram, construíram e mantêm o EC2. Nada contra Rightscale, Scalr ou Alestic.
Seis meses depois, mesmo tendo alguns problemas na estrada, o Linux da Amazon ficou bastante estável. No entanto, decidi compilar alguns dos softwares que utilizamos da fonte (por exemplo, php 5.3, MySQL 5.5, etc) porque tive problemas com os pacotes pré-compilados que a Amazon mantinha em seu repositório de pacotes.