Este é provavelmente um problema com D-Bus e systemd . Se o serviço dbus for reiniciado por algum motivo, você também precisará reiniciar o systemd-logind .
Você pode verificar se esse é o problema abrindo o registro do daemon do ssh (no Ubuntu ele deve ser /var/log/auth.log ) e verifique se ele possui estas linhas:
sshd[2721]: pam_systemd(sshd:session): Failed to create session: Connection timed out
Se sim, basta reiniciar systemd-logind service:
systemctl restart systemd-logind
Eu tive esse mesmo problema no CentOS 7, porque o messagebus foi reiniciado (que é como o serviço D-Bus é chamado no CentOS).