Primeiro de tudo, você precisa entender que com sistemas de arquivos modernos (journalizados), uma pane no sistema não corromperá o sistema de arquivos e nenhum fsck será requerido no momento da inicialização.
Ext3, Ext4, ZFS, btrfs, xfs e todos os FS modernos são 100% consistentes após uma falha ou reinicialização do sistema.
O FS não jornalizado como ext2 ou vfat é um grande NOGO para um sistema rootfs.
Agora, se o seu sistema requer um fsck no momento da inicialização, você deve se perguntar: qual foi a razão para isso em primeiro lugar?
Você deve investigar seus logs do kernel depois para descobrir, quando e o que aconteceu.
Você também deve voltar no tempo nos logs para localizar desde quando o erro foi iniciado.
Você deve verificar seus discos com o smartctl.
Etc ...
Se você precisa de um fsck em um fs em diário, é praticamente certo que seu hardware está falhando, supondo que o fs não tenha sido danificado por um administrador (com ferramentas em nível de bloco como dd) ou por um bug.
Portanto, é bobagem usar o fsck para "corrigir" o problema sem investigar e corrigir a causa raiz (substituindo / atualizando o hardware / firmware / software com defeito).
Fazer um fsck, completar o boot e ser feliz é ingênuo para dizer o mínimo.
Afirmar "Eu tive fsck trabalhar uma porcentagem maior do que o que você cita" está me fazendo pensar no que você quer dizer com "trabalho fsck".
O fsck pode ter trazido de volta seu fs para um estado consistente, perdendo alguns arquivos e dados no processo ... Você comparou com um backup?
Muitas pessoas perdem arquivos ou obtêm corrupção de dados de arquivos sem perceber ...