Basta adicionar um espaço após a chave e inserir o comentário, por exemplo:
ssh-dss AAAAB3NzaC1kc3MAAACBAN+NX/rmUkRW7Xn7faglC/pxqbVIohbcVOt41VThMYORtMQr
QSqMZugxew2s9iX4qRowHWLBRci6404nSydLiDe1q6/NmpK+oQ8zD1yXekl+fruBAYeno7f6dM7c
2swwwXY6knp4umXkLItxIUki6SXM0WfabJ8BwuNDyA8IrbFAAAAFQCynEN3MYXbs4AA7E/1I03jb
B1rewAAAIAztzZUygrUI8XX6eE4zEHdTbv89AHYsAsf7fSAWnPxWc63dV0P5lCPNk58nze6+N+MD
X7ZQADT6710fvbOmEFLciTwBGHHLxIV+1iTApJSsQp9T+pdkbFzBZ+mqQamZpSN1hC8fXe/Uty0D
SbhnQ1qanwrOdKP1JV7DUgzehSfAAAAIEAwAyNYxUsGil46gZQea6sfhUnrBwyM6JnEbA6ogfGdS
T2TDn1U5rfTV9UuNHzfoZ4CplVHclXyUPPhbKqcedpuRPJhHN/lp5MH7Q2tI/UxHvmePNHrXKk86
XYt7RzKHjWbHRxf84GIyTlKa8yfNfFlf9oNXdtBXcsJjHIvNsBk= ThisIsAComment
A página man do sshd tem uma seção no formato authorized_keys, onde afirma que o comentário se estende até o final da linha. Embora eu não tenha tentado, você deve colocar espaços no comentário.